La inmigración japonesa al Paraguay se inició en 1936 con la llegada de las primeras familias japonesas a La Colmena. Luego de una interrupción, debido a la Segunda Guerra Mundial, las relaciones diplomáticas fueron reanudadas y en 1959 ambos gobiernos suscribieron el Convenio sobre Inmigración que acordaba el establecimiento de unos 85.000 inmigrantes japoneses en el Paraguay.

Así, unos 10.000 japoneses iniciaron su nueva vida en los Departamentos de Itapúa, Alto Paraná, y Amambay, dedicándose principalmente a la agricultura. Hoy en día, se encuentran en el país, un total de 7.000 inmigrantes japoneses, incluyendo a sus descendientes, quienes por su laboriosidad y su contribución al desarrollo de la agricultura en el Paraguay, son altamente valorados por el pueblo paraguayo.

Por otra parte, desde 1959 hasta el presente, el Gobierno japonés ha venido brindando su asistencia económica y técnica para el desarrollo del Paraguay, cubriendo ampliamente varias áreas como: educación, cultura, fortalecimiento de la atención médica y salud, capacitación vocacional, desarrollo técnico agrícola, mejoramiento de rutas nacionales, entre otros.

Respecto al comercio, Japón ocupa el quinto lugar como país exportador al Paraguay, después de Brasil, Argentina, China y EE.UU, principalmente de vehículos, repuestos y maquinarias.

En cuanto al intercambio cultural, cabe destacar que el arpa paraguaya se ha introducido en el Japón en ocasión de la “Exposición Jardinería y Flores de Osaka” en 1990, así como a través de los artistas folklóricos paraguayos que visitaron el Japón y de los arpistas japoneses, por lo que en la actualidad se puede notar una creciente número de aficionados japoneses del arpa, en el Japón. Por otra parte, en el Paraguay diversas expresiones culturales japonesas han sido presentadas en ocasiones tales como: el tradicional mes cultural organizado anualmente por la Embajada del Japón y las exposiciones y conciertos musicales patrocinados por the Japan Foundation, entre otros. Hoy en día, se puede apreciar el creciente interés de los paraguayos que disfrutan de las prácticas del Ikebana (Arte del arreglo floral), el Origami (Arte del plegado del papel), o el Karate-do.

Asimismo, no hay que olvidar el intercambio generado a través del fútbol. En 1999 la selección japonesa ha participado en la Copa América que tuvo lugar en el Paraguay, y a su vez, la selección paraguaya ha visitado el Japón, tanto para participar como invitado en la Copa de Kirin (campeonato japonés) en 1998, así como para su alojamiento y entrenamiento en Matsumoto, Prefectura de Nagano, en ocasión del Mundial de Fútbol Japón y Corea en el 2002.

Como el resultado de las estrechas relaciones en diversos campos como se menciona más arriba, el Paraguay ha sido y sigue siendo uno de los países más fraternalmente cercano al Japón en Sudamérica, a pesar de la distancia geográfica que existe entre ambos países.